Wnioskodawca, który złożył wniosek o przyznanie pomocy do LGD, po podpisaniu umowy z Samorządem Województwa i zrealizowaniu całości projektu lub jego etapu musi rozliczyć mały projekt. Składa wniosek o płatność do Urzędu Marszałkowskiego - Oddział autoryzacji wniosków o płatność Departamentu PROW. Wraz z wnioskiem musi przedłożyć wymagane załączniki, w szczególności dokumenty księgowe (faktury, wyciągi bankowe) jako dowód poniesionych kosztów.
Urząd Marszałkowski dokonuje oceny kompletności złożonego wniosku oraz zgodności realizacji projektu z umową o dofinansowanie. Refundacja kosztów na rzecz beneficjenta dokonywana jest przez ARiMR na podstawie autoryzacji płatności od urzędu marszałkowskiego. Od dnia 29 listopada 2010 r. obowiązuje wniosek o płatność w wersji 4z.